Dunkelkeimer nennt man Samen, die ohne Lichteinwirkung keimen. Die meisten Gartenpflanzen sind Dunkelkeimer. Nach der Aussaat deckt man die Pflanzen so weit mit Erde ab, dass kein Licht an sie herankommen kann.
Pflanzensamen besitzen Photorezeptor-Proteine, die sogenannten Phytochrome, welche das Verhältnis von verschiedenen Wellenlängen des Lichts messen können. Dunkelkeimer registrieren vermutlich sehr langwelliges Licht, welches in der Lage ist, die obersten Bodenschichten zu durchdringen.
Als Faustregel für die Aussaat von Dunkelkeimern gilt: Die Dicke der bedeckenden Erdschicht sollte in etwa dem Durchmesser des Samens entsprechen. Das bedeutet, dass z. B. Bohnen und Erbsen verhältnismäßig tief gelegt werden, Radieschensamen dagegen weniger tief. Die Keimlinge der kleinen Samen müssten sonst einen ziemlich weiten Weg bis zur Oberfläche zurücklegen. Das würde sie schwächen. Beim Radieschen hätte dies zu Folge, dass die Knollen länger und dünner würden als die der flach ausgesäten.
Typische Dunkelkeimer sind Christrosen, Eisenhut, Lupinen, Mais, Rittersporn und Storchschnäbel.
