Als Stratifikation wird in der Botanik wie im Samenbau eine Behandlung von Samen bezeichnet, die geeignet ist, deren Keimung in einer gepufferten Umgebung anzuregen.
Nahezu alle Samen durchlaufen während und unmittelbar nach ihrer Reife an der Mutterpflanze eine Samenruhe, die überwunden werden muss, bevor die Keimung erfolgen kann. Dies dient zunächst dazu, die Keimung bereits an der Mutterpflanze zu verhindern. Zudem müssen häufig bestimmte Umgebungsbedingungen erfüllt sein, damit die Samen keimen können. Zahlreiche Samenarten benötigen eine Kälteperiode, bevor die Keimruhe überwunden wird. Dadurch wird die Keimung von Samen in der ungünstigen Zeit vor Winteranbruch verhindert. Werden Samen künstlich diesen Bedingungen ausgesetzt (z.B. in einem Kühlschrank), spricht man von Stratifikation.
